顯微鏡是研究微生物學的重要工具之一，根據不同的研究目的和要求，可以分別選用普通光學顯微鏡、暗視野顯微鏡、相差顯微鏡、熒光顯微鏡和電子顯微鏡等，在食品微生物檢測中，以普通光學顯微鏡(簡稱顯微鏡)為常用。
光學顯微鏡是利用光學原理，把人眼所不能分辨的微小物體放大成像，以供人們提取微細結構信息的光學儀器。光學顯微鏡就是利用表面為曲面的光學透鏡使物體放大成像這一原理，把微小物體放大到人眼足以觀察的尺寸。
光學顯微鏡通常采用兩級放大，分別由物鏡和目鏡完成。被觀察物體位于物鏡的前方，被物鏡做級放大后成，倒立的實像，然后此實像再被目鏡做第二級放大成虛像，人眼看到的就是一虛像，而顯微鏡的總放大倍率就是物鏡放大倍率和目鏡放大倍率的乘積。
放大倍率是指直線尺寸的放大比，而不是面積比。顯微鏡放大倍率的極限即有效放大倍率，顯微鏡的分辨率是指能被顯微鏡清晰區分的兩個物點的小間距。分辨率和放大倍率是兩個不同的但又相互有關聯的概念。
當選用的物鏡分辨率不夠高(數值孔徑不夠大)時，顯微鏡不能分清物體的微細結構，此時即使過度地增大放大倍率，得到的也只是一個輪廓大但細節不清晰的圖像，稱為無效放大倍率。反之如果分辨率已經滿足要求而放大倍率不足，則顯微鏡雖已具備分辨能力，但因圖像太小而仍然不能被人眼清晰視見。所以為了充分發揮顯微鏡的分辨能力，應使數值孔徑與顯微鏡總放大倍率合理匹配.
顯微鏡的構造：光學部分
1.物鏡
該鏡頭下端接近被檢物體，為顯微鏡上的主要光學裝置。由多塊透鏡組成。一般顯微鏡具有3個-4個物鏡，分成干燥系和油鏡兩組，干燥系又按放大倍數分為低倍鏡和高倍鏡。各物鏡放大率由其外形辨認，鏡頭長度越大，鏡片口徑越小，放大倍數愈大；反之，放大倍數小。油鏡頭的下緣，一般刻有一圈黑線。此外，各物鏡上都刻有放大倍數、孔徑數等標志
2.目鏡
目鏡重要的光學部分之一，和鏡檢者的眼睛接近。目鏡由兩塊透鏡組成，其上刻有倍數。為便于指出物象，常在鏡中裝黑色細絲一條，作為指針。
3.聚光器
聚光器位于載物臺下方的次臺上，由數個透鏡組成。能上下移動，調節并集聚由光源提供的光線，使集中于載物玻片上。
4.光源
光源提供觀察所需光線，裝在顯微鏡的下方。
顯微鏡的構造：機械部分
1.鏡臂
鏡臂在鏡筒后面，便于顯微鏡搬移，并作為將鏡筒傾斜時的握持部。
2.底座
顯微鏡的底座用以支持全鏡，呈馬蹄形。
3.載物臺
在物鏡下方，呈方形或圓形，用以載放被檢物體。中央有孔，可以透光。臺上裝有一彈簧夾，鏡檢時可以固定標本片。有的載物臺上裝有載物臺調解旋鈕，捻轉旋鈕，能使標本前后左右移動.
4.光圈
在聚光器下方，可以任意開閉，用以調節射入集光線的多寡。
5.電源和亮度調節旋鈕
用于開啟光源和調節光源的亮度。
6.粗準焦螺旋和細準焦螺旋
粗準焦螺旋可使載物臺較大距離地升降。細準焦螺旋可以地調節距離。
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