1、日常維護保養
（1）防潮光學鏡片就容易生霉、生霧。機械零件受潮后，容易生銹。顯微鏡箱內應放置1～2袋硅膠作干燥劑。
（2）防塵光學元件表面落入灰塵，不僅影響光線通過，而且經光學系統放大后，會生成很大的污斑，影響觀察。灰塵、砂粒落入機械部分，還會增加磨損，引起運動受阻，危害同樣很大。注意保持顯微鏡的清潔。
（3）防腐蝕顯微鏡不能和具有腐蝕性的化學試劑放在一起。如硫酸、鹽酸、強堿等。
（4）防熱避免熱脹冷縮引起鏡片的開膠與脫落。因此，生物顯微鏡要放置在干燥陰涼、無塵、無腐蝕的地方。使用后，要立即擦拭干凈，用防塵透氣罩罩好或放在箱子內。當顯微鏡閑置時，用塑料罩蓋好，并儲放在干燥的地方防塵防霉。將物鏡和目鏡保存在干燥器之類的容器中，并防些干燥劑。
2、機械系統的維護保養滑動部位：定期涂些中性潤滑脂油漆和塑料表面的清潔：頑固的污跡可以使用軟性的清潔劑來清洗，建議使用硅布。塑料部分：用軟布蘸水就可以清洗了。注意：不要使用有機溶劑（如酒精，乙醚，稀釋劑等）。因為會腐蝕機械和油漆，造成損壞。
3、光學系統的維護保養透鏡的清潔使用后用干凈柔軟的綢布輕輕擦拭目鏡和物鏡鏡片。聚光鏡和反光鏡只要擦干凈就可以了。有較頑固的污跡，可用長纖維脫脂棉或干凈的細棉布蘸少些二甲笨或鏡頭清洗液（3份酒精∶1份乙醚）擦拭，然后用干凈細軟的綢布擦干或用吹風球吹干。
注意：清洗液千萬不能滲入到物鏡鏡片內部，否則會損壞物鏡鏡片。純酒精和二甲苯容易燃燒，在將電源開關打開或關閉時要特別當心不要引燃這些液體。物鏡和目鏡的生霉生霧的處理辦法準備30%無水乙醇+70%乙醚，將不同鏡頭單獨分開放置干燥劑器皿中，用棉花棒，紗布，柔軟的刷子等比較柔軟的東西來擦拭油鏡當時就要清洗。特別是100X的油鏡，處理不當的話，前片容易浸油或開膠。目鏡可以自己拆下來清洗，16X目鏡注意別裝反了，前片凹面在上。物鏡不要隨便拆下。注意：擦洗鏡頭時，不能過用力，以防止損傷鍍膜層。一般2個月能集中保養一次。顯微鏡多時，各個鏡頭要標號以免弄錯了搭配。
4、定期檢查為了保持性能的穩定，建議做定期的檢查，保養。
綜上所述，對于生物顯微鏡的維護保養，主要做到防塵、防潮、防熱、防腐蝕。用后及時清洗擦拭干凈，并定期在有關部位加注中性潤滑油脂。對于一些結構復雜，裝配精密的零部件，如果沒有一定的專業知識，一定的技能和工具，就不能擅自拆裝，以免損壞零部件。
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