倒置顯微鏡的組成和普通顯微鏡一樣，只不過物鏡與照明系統顛倒，前者在載物臺之下，后者在載物臺之上，用于觀察培養的活細胞，具有相差物鏡。倒置顯微鏡和放大鏡起著同樣的作用，就是把近處的微小物體成一放大的像，以供人眼觀察。只是顯微鏡比放大鏡可以具有更高的放大率而已。這樣人們就可以更方便的觀察一些細小的微生物了。
倒置顯微鏡工作時當同一種光通過細胞時，由于細胞不同部分對光的折射率不同，通過細胞的光線和未通過細胞的光線便可以產生相位差。合光的振幅減小，物體圖像變暗。如果相位相同，則合光的振幅增大，圖像變亮，則可以產生明暗不同的圖像。倒置顯微鏡不能用有機溶液清擦其它部件表面，特別是塑料零件，可用軟布蘸少量中性洗滌劑清擦。
倒置顯微鏡儀器工作的間歇期間，為了防止灰塵進入鏡筒或透鏡表面，可將目鏡留在鏡筒上，或蓋上防塵塞，或用防塵罩將儀器罩住。這樣做的好處是抵制一些細菌的傾入，保證儀器的清潔。倒置顯微鏡裝配設計上趨于采用組合方式，集普通光鏡加相差、熒光、暗視野、攝影裝置于一體，從而操作靈活，使用方便。利于人們對標本的制作和采集。
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